由於列強的抗議，清廷在1900年初，曾經大舉鎮壓過到處殺洋人、燒教堂的義和團。不過，慈禧太后雖然一方面害怕洋人，一方面卻想挫挫洋人的氣燄來出氣，因此，對處理義和團的方法，一直舉棋不定。

1900年6月19日，報告傳來，說外國的軍隊已攻佔大沽炮台，她便召開御前會議，商討對策。會上，守舊的王公大臣紛紛稱讚義和團為「義民」，認為可以利用他們來對付洋人，於是，慈禧決定向各國宣戰。第二天，她就命義和團和清兵一起，攻打在北京城內的外國使館區。

7月14日，天津被八國聯軍攻陷，北京告急，慈禧害怕了，慌忙派大臣去求和。聯軍卻沒有理會，繼續向北京推進，在8月15日攻進北京城。

慈禧清晨聽到聯軍進城的消息，大驚，忙命人把自己化裝成農婦，帶着光緒帝和皇后逃去西安。

在離京的路上，百姓都逃難去了，他們既找不到足夠的食物，晚上也沒有被褥可蓋。有一夜，慈禧與光緒帝甚至只能背貼背坐在一條板凳上，等待天明。

雖然國難當前，但她一離險境，就開始向沿途的官吏苛索供應，繼續過着奢華的生活。她又下詔，要清軍倒過來去剿滅曾被她稱為「義軍」的義和團，並催促李鴻章向八國求和。最後，為了避免洋人追究她的責任，慈禧不顧利害，爽快地簽訂了《辛丑和約》，令中國要付出巨額賠款，和失去了許多主權。